Dzień dobry,
robi Pani wszystko prawidłowo, sposób płatności powinien być możliwy do wybrania.
Przetestowałem też to właśnie na swoim koncie, dodane sposoby płatności można wybrać na fakturze.

Jeśli problem nadal występuje, proszę o taką informację i udzielenie dostępu do konta dla pomocy technicznej.
https://pomoc.fakturownia.pl/148038-Pomoc-techniczna-jak-udzielic-do-niej-dostepu-

Pozdrawiam,
Kacper Seta