Bardzo proszę sprawdzić czy mają Państwo włączoną funkcję automatycznego wystawiania dokumentów magazynowych do faktur. Stany magazynowe modyfikują się na podstawie wystawionych dokumentów magazynowych a nie faktur. Jak włączyć tę funkcje opisaliśmy tutaj: http://pomoc.fakturownia.pl/151210-Jak-automatycznie-wystawiac-WZ-przy-wystawianiu-faktury